L’iscrizione sull’architrave dell’ingresso centrale della Chiesa, col nome dell’artefice Toballo de Janni, fornisce anche la data 1336. La data si riferisce, forse, ai lavori che diedero alla chiesa l’aspetto attuale, risultato delle trasformazioni di un piccolo edificio preesistente fuori le mura cittadine, e completamente isolato.
Tutti i lavori furono compiuti intorno ad una chiesetta preesistente dedicata a S. Margherita di Antiochia. Fu abbattuta una parete laterale e al suo posto fu costruito un grande arco ogivale, di cui resta un capitello e la testa di leone.
La presenza romanica nella chiesa di S. Antonio Abate si ha ancora nel pulpito con colonnina riposante sul dorso di un leone e fregio di tralci di vite.
Così composta, la chiesa rimase ancora qualche decennio, finché non fu riunita tramite il portichetto tutt’ora esistente, all’edificio che è accanto, destinato ad ospizio, conformemente all’attività ospedaliera svolta dai monaci di S. Antonio.
In un periodo imprecisato, ma intorno al XVI secolo, il complesso di S. Antonio sembra perdere, la sua vocazione originaria per essere trasformato in abazia.
Sul finire dell’800 Felice Borghese, proprietario ereditario, fece restaurare la chiesa, ma più tardi se ne disfece vendendola a privati. La chiesa cadde allora in rovina, l’ospizio fu trasformato in case private e negozi.
Durante gli ultimi 40 anni la chiesa è stata più volte riparata e riaperta al culto, ma gli affreschi a causa dell’umidità, vera piaga di questa bella chiesa, si vanno sempre più deteriorando.
I dipinti che ornano la chiesa sono di periodi differenti, databile dal XIV al XVI secolo. A quello più antico risale la maggior parte di essi realizzata quasi certamente durante la seconda metà del XIV secolo.
Si tratta di una fascia alta circa 2 metri che, a m.1,80 dal suolo attuale, percorre tutte le pareti della chiesa, eccetto nella zona presbiteriale. Questa fascia è opera di tre o quattro artisti differenti di buon livello.
A parte i santi della tradizione popolare privernate S. Michele, S. Caterina d’Alessandria, S. Giovanni Battista, tutta la fascia celebra il leggendario antoniano, cioè sono dipinti santi anonimi che fiancheggiano il gruppo della Madonna con Bambino.
In periodi successivi affreschi di scadente qualità furono dipinti nella zona superiore e inferiore di questa prima fascia.
La volta del presbiterio è ripartita in otto sezioni, purtroppo in fase di continua degradazione, sono affrescate con i sette Sacramenti e la Vergine in Gloria. L’opera tutta è attribuita ad un seguace di Pietro Coleberti.